Desde o século XVI, os monarcas ibéricos foram autorizados pelo Vaticano a administrar os assuntos religiosos no ultramar , por meio da instituição denominada padroado régio. na prática , como patronos da evangelização , os monarcas transformavam os membros do clero secular em funcionários das respectivas coroas . As bulas e encíclicas papais só eram válidas uma vez aceitas pelos reis , que indicavam os nomes de bispos e outros representantes da hierarquia católica. com a independência , o padroado manteve-se como atribuição dos monarcas brasileiros. No entanto , em 1864, o papa Pio IX condenou em uma encíclica o que considerava os 80 erros que o mundo praticava contra a Igreja. Entre eles, o poder dos Estados sobre os documentos papais , a subordinação do clero a administração civil, a separação entre Igreja e estado , e a participação de membros da Igreja em sociedades secretas, especialmente a maçonaria. No Brasil, D. Pedro II negou-se a aprovar a encíclica , o que , pelas regras do padroado , tornava-a sem validade. os conflitos não tardaram a surgir . Alguns membros do clero, como o bispo de Olinda, resolveram seguir as recomendações papais e expulsaram das confrarias religiosas os representantes maçons. Um recurso à Coroa tornou nula a expulsão ordenada pelo bispo, que acabou preso em 1874. Apontada como uma das razões do enfraquecimento do regime imperial , pelo desgaste que teria provocado na imagem do monarca entre os católicos brasileiros, a Questão Religiosa marca o início do processo de separação entre o poder civil e o poder religioso. Com a república , esse processo se completa , com a obrigatoriedade do casamento civil e a formalização da liberdade religiosa . A igreja distanciava-se do Estado . Em alguns momentos da história republicana posterior, parcela considerável da hierarquia eclesiástica chegaria a se opor aos governantes brasileiros.
